ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา จัดตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทยและนักวิชาการญี่ปุ่นปรับขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่น และจังหวัดพระนครศรีอยุธยาซึ่งเคยเสนอปรับปรุงบริเวณที่เคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่น ให้จัดสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่น มาเป็นการเสนอให้จัดตั้งเป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา ซึ่งจะทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยและพิพิธภัณฑสถานเกี่ยวกับราชอาณาจักรอยุธยาโดยรวม และได้รับงบประมาณช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่นเป็นเงิน 999 ล้านเยน เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติในพระบรมราชวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 60 พรรษา และเพื่อเป็นที่ระลึกในโอกาสที่มิตรภาพระหว่างประเทศญี่ปุ่นกับราชอาณาจักรไทยได้สถาวรยืนนานมาครบ 100 ปี
   ศูนย์แห่งนี้เปิดทำการทุกวัน(วันจันทร์-ศุกร์และวันหยุดนักขัตฤกษ์ เวลา 09.00-16.30น. วันเสาร์-อาทิตย์ เวลา 09.00-17.00น.) อัตราค่าเข้าชมสำหรับนักเรียน และนักศึกษา ในเครื่องแบบ 5 บาท ประชาชนทั่วไป 20 บาท นักเรียนต่างชาติ 50 บาท ชาวต่างประเทศ 100 บาท สอบถามรายละเอียดเพิ่มเติม โทร. (035)245123-4
   วัดบรมพุทธาราม อยู่ภายในบริเวณสถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา หรือที่ชาวบ้านเรียกกันทั่วไปว่า “วัดกระเบื้องเคลือบ” เพราะแต่เดิมนั้นพระอุโบสถมุงด้วยกระเบื้องเคลือบสีเหลืองแกมเขียว วัดนี้สมเด็จพระเพทราชาทรงสร้างขึ้นที่บริเวณพระนิเวศน์เดิม
   พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา ตั้งอยู่ที่ตำบลประตูชัย ถนนโรจนะ ตรงข้ามกับสถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา หากมาจากกรุงเทพฯ เข้าตัวเมืองอยุธยา จากนั้นข้ามสะพานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช แล้วตรงไปประมาณ 2 ไฟแดง ไปอีกไม่ไกลนักจะเห็นพิพิธภัณฑ์อยู่ทางขวามือ พิพิธภัณฑ์แห่งนี้สร้างขึ้นด้วยเงินที่ประชาชนเช่าพระพิมพ์ที่ขุดได้จากกรุวัดราชบูรณะซึ่งเป็นวัดที่สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 (เจ้าสามพระยา) ทรงสร้าง จึงให้ชื่อว่า “พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา” พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดพิพิธภัณฑ์แห่งนี้เมื่อปีพ.ศ. 2504
   คุ้มขุนแผน ตั้งอยู่ที่ถนนป่าโทน เป็นตัวอย่างของหมู่เรือนไทยภาคกลาง ในรูปแบบเรือนคหบดีไทยสมัยโบราณ เดิมเป็นจวนสมุหเทศาภิบาล มณฑลกรุงเก่า พลตรีพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมขุนมรุพงศ์สิริพัฒน์ทรงสร้างขึ้นในปีพ.ศ.2437 ที่เกาะลอยบริเวณสะพานเกลือซึ่งอยู่ตรงข้ามกับที่ว่าการมณฑล ต่อมาในราวปีพ.ศ. 2483 ปรีดี พนมยงค์นายรัฐบุรุษอาวุโสได้ย้ายจวนหลังนี้มาสร้างในบริเวณคุกนครบาลเก่าของพระนครศรีอยุธยา พร้อมทั้งสร้างเรือนไทยเพิ่มขึ้นอีกในปี พ.ศ.2499 และให้ชื่อเรือนไทยนี้ว่าคุ้มขุนแผน ซึ่งเชื่อกันว่าขุนแผนเคยต้องโทษอยู่ในคุกแห่งนี้ การเดินทาง หากมาจากกรุงเทพฯ เข้าตัวเมืองอยุธยาแล้วให้ข้ามสะพานสมเด็จพระนเรศวรมหาราชตรงไปจนถึงศาลากลางจังหวัดหลังเดิม จะเห็นสามแยกแล้วเลี้ยวขวาตรงไปไม่ไกลนักจะเห็นคุ้มขุนแผนอยู่ทางซ้ายมือ
   วิหารพระมงคลบพิตร ตั้งอยู่ทางด้านทิศใต้ของวัดพระศรีสรรเพชญ์ ใช้เส้นทางเดียวกับทางไปคุ้มขุนแผน วิหารพระมงคลบพิตรจะอยู่ถัดไปไม่ไกลนัก พระมงคลบพิตรเป็นพระพุทธรูปบุสัมฤทธิ์ปางมารวิชัย มีขนาดหน้าตักกว้าง 9.55 เมตรและสูง 12.45 เมตร นับเป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่องค์หนึ่งในประเทศไทย ไม่มีหลักฐานแน่ชัดว่าสร้างในสมัยใด สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้น ราวแผ่นดินสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เมื่อพ.ศ.2145สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมโปรดเกล้าฯให้ย้ายจากทิศตะวันออกนอกพระราชวังมาไว้ทางด้านทิศตะวันตกที่ประดิษฐานอยู่ในปัจจุบัน และโปรดเกล้าฯให้ก่อมณฑปสวมไว้ ในสมัยสมเด็จพระเจ้าเสือ ผ่าลงมาไหม้เครื่องบนพระมณฑปเกิดไฟไหม้ทำให้ส่วนบนขององค์พระมงคลบพิตรเสียหายจึงโปรดเกล้าฯให้ซ่อมแซมใหม่ แปลงหลังคายอดมณฑปเป็นหลังคาพระวิหารธรรมดาแทน ในคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 วิหารพระมงคลบพิตรถูกไฟไหม้ รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯให้การปฏิสังขรณ์ใหม่ สำหรับบริเวณข้างวิหารพระมงคลบพิตรทางด้านทิศตะวันออกแต่เดิมเป็นสนามหลวง ใช้เป็นที่สำหรับสร้างพระเมรุพระบรมศพของพระมหากษัตริย์และเจ้านาย เช่นเดียวกับท้องสนามหลวงของกรุงเทพฯ
   วัดพระศรีสรรเพชญ์ ตั้งอยู่ทางทิศเหนือของวิหารพระมงคลบพิตร เป็นวัดสำคัญที่สร้างอยู่ในพระราชวังหลวงเทียบได้กับวัดพระศรีรัตนศาสดารามแห่งกรุงเทพมหานคร หรือวัดมหาธาตุแห่งกรุงสุโขทัย ในสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง)ทรงสร้างพระราชมณเฑียรเป็นที่ประทับที่บริเวณนี้ ต่อมาสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงอุทิศบริเวณพระราชมณเฑียรให้เป็นวัดภายในพระราชวังและโปรดเกล้าฯให้สร้างเขตพุทธาวาสขึ้น เพื่อเป็นที่สำหรับประกอบพิธีสำคัญต่างๆ จึงเป็นวัดที่ไม่มีพระสงฆ์จำพรรษา
   ต่อมาในสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่2โปรดเกล้าฯให้สร้างพระสถูปเจดีย์ใหญ่สององค์เมื่อ พ.ศ.2035 องค์แรกทางทิศตะวันออกเพื่อบรรจุพระบรมอัฐิของสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถพระราชบิดาและองค์ที่สองคือองค์กลางในปัจจุบัน เพื่อบรรจุพระบรมอัฐิของสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 3 พระบรมเชษฐา ต่อมาในปีพ.ศ. 2042 ทรงสร้างพระวิหารขนาดใหญ่และในปีพ.ศ.2043 ทรงหล่อพระพุทธรูปยืนสูง 8 วา(16 เมตร) หุ้มด้วยทองคำหนัก 286 ชั่ง (ประมาณ 171 กิโลกรัม) ประดิษฐานไว้ในวิหารถวายพระนามว่า “พระศรีสรรเพชญดาญาณ” ซึ่งภายหลังเมื่อคราวเสียกรุงพ.ศ. 2310 พม่าได้เผาลอกทองคำไปหมด สำหรับเจดีย์องค์ที่สาม ถัดมาทางทิศตะวันตก สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 4 พระราชโอรสได้โปรดเกล้าฯให้สร้างขึ้นเพื่อบรรจุพระบรมอัฐิของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 เจดีย์สามองค์นี้เป็นเจดีย์แบบลังการะหว่างเจดีย์แต่ละองค์มีมณฑปก่อคั้นไว้ซึ่งคงจะมีการสร้างเพิ่มในภายหลัง ในสมัยจอมพล ป.พิบูลสงครามได้มีการบูรณะเจดีย์แห่งนี้จนมีสภาพที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน เปิดให้เข้าชมทุกวันตั้งแต่เวลา 08.30–16.30 น. ค่าเข้าชม ชาวไทย 10 บาท ชาวต่างประเทศ 30 บาท
   พระราชวังหลวงหรือพระราชวังโบราณ ตั้งอยู่ติดกับวัดพระศรีสรรเพชญ์ทางด้านทิศเหนือ สันนิษฐานว่า สมเด็จพระรามาธิบดีที่1(พระเจ้าอู่ทอง) ทรงสร้างพระราชวังตั้งแต่เมื่อครั้งประทับอยู่ที่เวียงเล็ก เมื่อพ.ศ.1890 และเมื่อสร้างพระราชวังเสร็จในปีพ.ศ.1893 จึงย้ายมาประทับที่พระราชวังใหม่ริมหนองโสน ปราสาทในครั้งแรกนี้สร้างด้วยไม้อยู่ในบริเวณวัดพระศรีสรรเพชญ์ ต่อมาเมื่อพ.ศ. 1991 สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงถวายที่บริเวณปราสาทให้เป็นวัดพระศรีสรรเพชญ์วัดในเขตพระราชวัง แล้วทรงสร้างปราสาทใหม่เลื่อนไปทางเหนือชิดกับแม่น้ำลพบุรี
บริเวณพระราชวังหลวงมีพระที่นั่งสำคัญดังนี้
   วัดพระราม อยู่นอกเขตพระราชวังไปทางด้านทิศตะวันออก ตรงข้ามกับวิหารพระมงคลบพิตร สมเด็จพระราเมศวรทรงสร้างขึ้นตรงบริเวณที่ถวายพระเพลิงพระบรมศพสมเด็จพระรามาธิบดีที่1(พระเจ้าอู่ทอง)พระราชบิดา วัดนี้มีบึงขนาดใหญ่อยู่หน้าวัด เดิมเรียกว่า “หนองโสน” ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น “บึงพระราม” ปัจจุบันคือ “สวนสาธารณะบึงพระราม” ซึ่งใช้เป็นที่สำหรับพักผ่อนหย่อนใจของชาวจังหวัดพระนครศรีอยุธยาและสำหรับนักท่องเที่ยวที่มาเยือน เปิดให้เข้าชมทุกวันตั้งแต่เวลา 08.30–16.30 น. ค่าเข้าชม ชาวไทย 10 บาท ชาวต่างประเทศ 30 บาท
หมายเหตุ ตั้งแต่เวลาประมาณ 19.30น.- 21.00น. จะมีการส่องไฟชมโบราณสถาน
   พระบรมราชานุสาวรีย์พระเจ้าอู่ทอง ประดิษฐานอยู่ระหว่างบึงพระรามกับวัดพระศรีสรรเพชญ์ พระบรมรูปของพระเจ้าอู่ทองมีขนาดเท่าครึ่งของคนธรรมดา หล่อด้วยทองสัมฤทธิ์และรมด้วยน้ำยาสีเขียว ในพระอิริยาบถประทับยืน พระหัตถ์ขวาทรงพระขรรค์ พระเกล้าเกศา ฉลองพระองค์แบบพระมหากษัตริย์สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนต้น พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯเสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดพระบรมราชานุสาวรีย์เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2513
   วัดมหาธาตุ ตั้งอยู่เชิงสะพานป่าถ่าน ทางทิศตะวันออกของวัดพระศรีสรรเพชญ์ พงศาวดารบางฉบับกล่าวว่าวัดนี้สร้างในสมัยสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 1 ต่อมาสมเด็จพระราเมศวรโปรดเกล้าฯให้อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุไว้ใต้ฐานพระปรางค์ประธานของวัดเมื่อพ.ศ.1927 พระปรางค์วัดมหาธาตุถือเป็นปรางค์ที่สร้างในระยะแรกของสมัยอยุธยาซึ่งได้รับอิทธิพลของปรางค์ขอมปนอยู่ ชั้นล่างก่อสร้างด้วยศิลาแลงแต่ที่เสริมใหม่ตอนบนเป็นอิฐถือปูน สมเด็จพระเจ้าปราสาททองได้ทรงปฏิสังขรณ์พระปรางค์ใหม่โดยเสริมให้สูงกว่าเดิม แต่ขณะนี้ยอดพังลงมาเหลือเพียงชั้นมุขเท่านั้น จึงเป็นที่น่าเสียดายเพราะมีหลักฐานว่าเป็นปรางค์ที่มีขนาดใหญ่มากและก่อสร้างอย่างวิจิตรสวยงามมาก เมื่อพ.ศ. 2499 กรมศิลปากรได้ขุดแต่งพระปรางค์แห่งนี้ พบของโบราณหลายชิ้น ที่สำคัญคือ ผอบศิลา ภายในมีสถูปซ้อนกัน 7 ชั้น แบ่งออกเป็น ชิน เงิน นาก ไม้ดำ ไม้จันทร์แดง แก้วโกเมน และทองคำ ชั้นในบรรจุพระบรมสารีริกธาตุและเครื่องประดับอันมีค่า ปัจจุบันพระบรมสารีริกธาตุนำไปประดิษฐานไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา การเดินทาง หากมาจากกรุงเทพฯ เข้าตัวเมืองอยุธยาแล้วข้ามสะพานสมเด็จพระนเรศวรมหาราชตรงไปจนถึงสี่แยกไฟแดงที่ 2 เลี้ยวขวาตรงไปไม่ไกลนัก ผ่านบึงพระราม จะเห็นวัดมหาธาตุอยู่ทางซ้ายมือ เปิดให้เข้าชมทุกวันตั้งแต่เวลา 08.30–16.30 น. ค่าเข้าชม ชาวไทย 10 บาท ชาวต่างประเทศ 30 บาท หมายเหตุ ตั้งแต่เวลาประมาณ 19.30น.-21.00น. จะมีการส่องไฟชมโบราณสถาน
   วัดราชบูรณะ อยู่เชิงสะพานป่าถ่าน ตรงข้ามวัดมหาธาตุ สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 (เจ้าสามพระยา) โปรดเกล้าฯให้สร้างขึ้นเมื่อราว พ.ศ. 1967 ณ บริเวณที่ถวายพระเพลิงเจ้าอ้ายพระยากับเจ้ายี่พระยาซึ่งชนช้างกันจนถึงแก่พิราลัยและโปรดเกล้าฯให้ก่อเจดีย์ 2 องค์บริเวณนั้น ซากที่เหลืออยู่แสดงว่าวิหารและส่วนต่างๆ ของวัดนี้ใหญ่โตมาก พระปรางค์เป็นศิลปะอยุธยาสมัยแรกซึ่งนิยมสร้างตามแบบขอมที่ให้พระปรางค์เป็นประธานของวัด พระปรางค์องค์นี้มีลวดลายสวยงามมาก ภายในกรุปรางค์มีภาพเขียนด้วยสีแดงชาดปิดทองเป็นรูปพระพุทธรูปปางลีลาและปางสมาธิ รวมทั้งรูปเทวดาและรูปดอกไม้ เมื่อกรมศิลปากรขุดแต่งพระปรางค์วัดราชบูรณะ ได้ขุดกรุนำโบราณวัตถุที่มีค่าไปเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา ซึ่งสร้างโดยเงินบริจาคจากการนำพระพิมพ์ขนาดเล็กที่ได้จากกรุนี้มาจำหน่ายเป็นของชำร่วย เปิดให้เข้าชมทุกวันตั้งแต่เวลา 08.30–16.30 น. ค่าเข้าชม ชาวไทย 10 บาท ชาวต่างประเทศ 30 บาท หมายเหตุ ตั้งแต่เวลาประมาณ 19.30น.- 21.00น. จะมีการส่องไฟชมโบราณสถาน
   พิพิธภัณฑ์เรือไทย ตั้งอยู่บริเวณฝั่งตรงข้ามกับวัดมหาธาตุ ภายในบริเวณบ้านพักของอาจารย์ไพฑูรย์ ขาวมาลา เป็นสถานที่เก็บรวบรวมเรือจำลองรูปแบบต่างๆ โดยต่อขึ้นตามแบบเรือจริงทุกประการ มีตั้งแต่เรือเดินสมุทรไปจนถึงเรือลำเล็กๆและมีส่วนที่เป็นพิพิธภัณฑ์เรือไทย จัดแสดงเรือไทยพื้นบ้านนานาชนิดหลายรูปแบบที่ปัจจุบันหาดูได้ยากตามแม่น้ำลำคลอง สอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมโทร (035) 241195
   พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ จันทรเกษม เรียกอีกชื่อหนึ่งว่า วังจันทรเกษมหรือวังหน้า ตั้งอยู่ถนนอู่ทอง ริมแม่น้ำป่าสักมุมทิศตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะเมืองใกล้ตลาดหัวรอ วังจันทรเกษมสร้างในสมัยสมเด็จพระนเรศวรมหาราชขณะยังทรงเป็นมหาอุปราชครองเมืองพิษณุโลกเมื่อพ.ศ.2112 เคยใช้เป็นที่ประทับของสมเด็จพระยุพราชและพระมหากษัตริย์หลายพระองค์เมื่อคราวเสียกรุง ในปีพ.ศ.2310 วังนี้ได้ถูกข้าศึกเผาทำลายเสียหายมากและถูกทิ้งร้าง จนถึงรัชกาลที่ 4 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์โปรดเกล้าฯ ให้ซ่อมพระที่นั่งพิมานรัตยาและพลับพลาจตุรมุขไว้เป็นที่ประทับเมื่อเสด็จประพาสพระนครศรีอยุธยา ต่อมาในรัชกาลที่ 5 ได้พระราชทานให้เป็นที่ว่าการมณฑลอยุธยาและรัชกาลที่ 7 โปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนเป็นศาลากลางจังหวัดจนเมื่อได้สร้างศาลากลางใหม่แล้ว กรมศิลปากรจึงได้เข้ามาดูแลและจัดทำเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ จันทรเกษมจนกระทั่งปัจจุบัน
   วัดเสนาสนาราม อยู่ทางด้านหลังพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ จันทรเกษม เป็นวัดโบราณเดิมชื่อ "วัดเสื่อ" เป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปสำคัญ 2 องค์คือ "พระสัมพุทธมุนี" พระประธานในอุโบสถและ "พระอินทรแปลง" ซึ่งประดิษฐานอยู่ในพระวิหารเป็นพระพุทธรูปที่อัญเชิญมาจาก นครเวียงจันทน์
วัดสุวรรณดารารามราชวรวิหาร อยู่ในเขตพระนครด้านทิศตะวันออกเฉียงใต้ของเกาะเมือง เหนือบริเวณป้อมเพชร สามารถใช้เส้นทางเดียวกับพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ จันทรเกษม แต่พอถึงสามแยกให้เลี้ยวขวา แล้วตรงไปประมาณ 1 กิโลเมตร จะเห็นป้ายทางเข้าวัดอยู่ทางด้านขวามือ วัดนี้เดิมชื่อว่า“วัดทอง”เป็นวัดที่พระบรมมหาชนกของพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงสร้างไว้ตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา ต่อมาเมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชเสด็จขึ้นครองราชย์ จึงโปรดเกล้าฯให้สถาปนาวัดทองขึ้นใหม่และพระราชนามว่า“วัดสุวรรณดาราราม” เพื่อเป็นอนุสรณ์แด่พระบรมชนกนาถและพระบรมราชชนนี ตามพระนามเดิมของทั้งสองพระองค์คือ“ทองดี”และ“ดาวเรือง”
   เจดีย์พระศรีสุริโยทัย อยู่ในเกาะเมืองด้านทิศตะวันตก อยู่ติดกับสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่ 3 ถนนอู่ทอง พระเจดีย์แห่งนี้เป็นโบราณสถานที่สำคัญยิ่งแห่งหนึ่งในเขตอุทยานประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยา เป็นอนุสรณ์สถานของวีรสตรีไทยพระองค์แรก สมเด็จพระสุริโยทัยซึ่งสิ้นพระชนม์ในการทำสงครามยุทธหัตถีระหว่างสมเด็จพระมหาจักรพรรดิกับพระเจ้าแปร และเป็นการยืนยันเกียรติแห่งสตรีไทยที่ได้รับการยกย่องจากสังคมไทยมาแต่ครั้งบรรพกาล
   ปีพ.ศ.2091 สมเด็จพระมหาจักรพรรดิขึ้นครองราชสมบัติมีสมเด็จพระสุริโยทัยเป็นพระมเหสี หลังจากครองราชย์ได้ 7 เดือน พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้และบุเรงนองยกทัพเข้ามาล้อมกรุงศรีอยุธยา โดยผ่านมาทางด้านด่านพระเจดีย์สามองค์จังหวัดกาญจนบุรีและตั้งค่ายล้อมพระนคร สมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงช้างออกไปพร้อมกับพระราชโอรสสมเด็จพระสุริโยทัยทรงเป็นห่วงพระราชสวามี จึงได้ทรงเครื่องแบบอย่างนักรบชายประทับช้างตามเสด็จออกไปกองทัพกรุงศรีอยุธยาปะทะกับทัพหน้าของกรุงหงสาวดี ซึ่งมีพระเจ้าแปรเป็นแม่ทัพสมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงไสช้างเข้าชนกับช้างของพระเจ้าแปรและบังเอิญช้างทรงเกิดเพลี่ยงพล้ำ สมเด็จพระสุริโยทัยจึงไสช้างพระที่นั่งเข้าขวางพระเจ้าแปรด้วยเกรงว่าสมเด็จพระมหาจักรพรรดิพระราชสวามีจะเป็นอันตราย จนถูกพระแสงของ้าวฟันพระอังสาขาดสะพายแล่งสิ้นพระชนม์อยู่บนคอช้าง เมื่อสงครามยุติลงสมเด็จพระมหาจักรพรรดิทรงปลงพระศพของพระนางและสถาปนาวัดที่ปลงพระศพขึ้นเป็นวัดสวนหลวงสบสวรรค์ (เดิมชื่อ วัดสบสวรรค์) ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการสอบสวนหาตำแหน่งสถานที่ต่างๆ ที่กล่าวถึงในพระราชพงศาวดารเพื่อเรียบเรียงเป็นหนังสือประชุมพงศาวดารขึ้นทูลเกล้าฯถวาย จึงเป็นเหตุให้ทราบตำแหน่งของวัดสบสวรรค์ ซึ่งยังคงพบเจดีย์แบบย่อไม้สิบสองสูงใหญ่ปรากฏตามที่ตั้งในปัจจุบันนี้ ต่อมาพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงขนานนามเรียกชื่อเจดีย์ว่า "เจดีย์พระศรีสุริโยทัย"
   สวนศรีสุริโยทัย ตั้งอยู่ในเขตทหาร กองสรรพาวุธซ่อมยาง สามารถใช้เส้นทางเดียวกับทางไปเจดีย์พระศรีสุริโยทัย สวนศรีสุริโยทัยจะอยู่ทางขวามือ องค์การสุราเป็นผู้สร้างสวนนี้เพื่ออุทิศส่วนกุศลถวายอดีตพระมหากษัตริย์ทุกพระองค์ในที่ดินซึ่งเคยเป็นเขตพระราชฐานชั้นใน พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯได้พระราชทานชื่อ “สวนศรีสุริโยทัย” เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2532 และองค์การสุราได้ทูลเกล้าฯ ถวายสวนนี้แด่สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถเนื่องในวโรกาสเฉลิมพระชนมพรรษาครบ 5 รอบ สวนนี้มีพื้นที่ประมาณ 5 ไร่ ประกอบด้วยศาลาอเนกประสงค์ พลับพลาสมเด็จพระสุริโยทัย อนุสาวรีย์สมเด็จพระสุริโยทัยแสดงเหตุการณ์ตอนสู้รบบนหลังช้าง เนินเสมาหินอ่อนโบราณอายุกว่า 400 ปีบรรจุชิ้นส่วนพระพุทธรูปที่ชำรุดอัญเชิญมาจากวัดพุทไธศวรรย์ (พระตำหนักเวียงเหล็กของพระเจ้าอู่ทอง) ฯลฯ สวนนี้เปิดให้เข้าชมทุกวัน ตั้งแต่เวลา 09.00-17.00 น.
   วัดกษัตราธิราชวรวิหาร อยู่นอกเกาะเมืองตรงข้ามกับเจดีย์พระศรีสุริโยทัย ริมแม่น้ำเจ้าพระยา สามารถใช้เส้นทางเดียวกับสวนสมเด็จพระศรีนครินทร์ไปจนถึงสี่แยกแล้วเลี้ยวซ้ายข้ามสะพานวัดกษัตราธิราชฯ จากนั้นเลี้ยวขวาตรงไปไม่ไกลนักก็จะถึงวัดนี้ วัดนี้เดิมชื่อ “วัดกษัตรา” หรือ “วัดกษัตราราม” เป็นวัดโบราณในสมัยกรุงศรีอยุธยาพระ-ปรางค์ใหญ่เป็นประธานหลักของวัด และยังมีพระอุโบสถสมัยอยุธยาซึ่งมีลายสลักไม้เป็นดาวเพดานงดงามมาก เป็นวัด
ที่มีความสวยงามมากวัดหนึ่ง
   วัดไชยวัฒนาราม ตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันตกนอกเกาะเมือง เป็นวัดที่พระเจ้าปราสาททอง กษัตริย์กรุงศรีอยุธยาองค์ที่ 24 (พ.ศ. 2173-2198) โปรดให้สร้างขึ้นเมื่อพ.ศ.2173 ได้ชื่อว่าเป็นวัดที่มีความงดงามมากแห่งหนึ่งในกรุงศรีอยุธยา ความสำคัญอีกประการหนึ่งคือ วัดนี้เป็นที่ฝังพระศพของเจ้าฟ้าธรรมธิเบศร์(เจ้าฟ้ากุ้ง) กวีเอกสมัยอยุธยาตอนปลายกับเจ้าฟ้าสังวาลย์ซึ่งต้องพระราชอาญาโบยจนสิ้นพระชนม์ในรัชสมัยของพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ
   วัดพุทไธศวรรย์ ตั้งอยู่ริมแม่น้ำทางด้านใต้ฝั่งตรงข้ามของเกาะเมือง หากเดินทางโดยรถยนต์ และใช้เส้นทางสายอยุธยา-เสนา ข้ามสะพานวัดกษัตราธิราชวรวิหาร แล้วเลี้ยวซ้าย จะผ่านวัดไชยวัฒนาราม มีป้ายบอกทางเป็นระยะไปจนถึงทางแยกซ้ายเข้าวัดพุทไธศวรรย์ วัดนี้สร้างขึ้นบริเวณตำหนักที่ประทับเดิมของสมเด็จพระเจ้าอู่ทองซึ่งเรียกว่า “ตำหนักเวียงเหล็กหรือเวียงเล็ก” หลังจากนั้นพระองค์ไปสร้างพระราชวังใหม่ที่ตำบลหนองโสน(บึงพระราม)จึงสถาปนาสถานที่นี้เป็นวัดพุทไธศวรรย์ ภายในวัดมีสิ่งที่น่าสนใจ คือ พระปรางค์ประธานองค์ใหญ่ศิลปะแบบขอม พระอุโบสถทางด้านทิศตะวันตกของปรางค์ พระตำหนักสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ วิหารพระนอนและหมู่พระเจดีย์สิบสององค์
   หมู่บ้านโปรตุเกส ตั้งอยู่ที่ตำบลสำเภาล่ม บริเวณริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาทางทิศตะวันตก อยู่ทางใต้ของตัวเมือง ชาวโปรตุเกสเป็นชาวยุโรปชาติแรกที่เข้ามาติดต่อค้าขายกับกรุงศรีอยุธยาเมื่อปีพ.ศ. 2054 โดยอัลฟองโซ เดอ อัลบูเคอร์ก ผู้สำเร็จราชการของโปรตุเกส ประจำเอเซีย ได้ส่งนายดูอาร์เต้ เฟอร์นันเดส เป็นฑูตเข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 แห่งกรุงศรีอยุธยา ชาวโปรตุเกสเข้ามาตั้งหลักแหล่งค้าขายและเป็นทหารอาสาในกองทัพกรุงศรีอยุธยา สร้างโบสถ์ขึ้นเพื่อเผยแพร่ศาสนาและเป็นศูนย์กลางของชุมชน ปัจจุบันบริเวณนี้ยังมีร่องรอยสิ่งก่อสร้างปรากฏให้เห็นคือ โบราณสถานซานเปโตรหรือโบสถ์ในคณะโดมินิกันซึ่งเป็นที่สำหรับประกอบพิธีกรรมทางศาสนา นับเป็นโบสถ์แห่งแรกที่สร้างขึ้นในแผ่นดินไทย มีการขุดค้นพบโบราณวัตถุที่สำคัญได้แก่ โครงกระดูกมนุษย์ กล้องยาสูบ เหรียญกษาปณ์ เครื่องปั้นดินเผาและเครื่องประกอบพิธีทางศาสนา
   วัดภูเขาทอง ตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ห่างจากพระราชวังหลวงไปประมาณ 2 กิโลเมตร สามารถใช้เส้นทางเดียวกับทางไปจังหวัดอ่างทอง ทางหลวงหมายเลข 309 จะมีป้ายบอกทางแยกซ้ายไปวัดนี้ วัดภูเขาทองนี้ หนังสือคำให้การชาวกรุงเก่ากล่าวว่า สมเด็จพระราเมศวรทรงสร้าง เมื่อพ.ศ. 1930 ครั้นบุเรงนองยกมาตีกรุงศรีอยุธยาเมื่อพ.ศ. 2112 ได้สร้างพระเจดีย์ภูเขาทองใหญ่แบบมอญขึ้นไว้เป็นที่ระลึกที่วัดนี้ ต่อมาสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศโปรดเกล้าฯให้ซ่อมแซมองค์พระเจดีย์ตอนบนเปลี่ยนจากเจดีย์แบบมอญเป็นเจดีย์ไทย ย่อมุมไม้สิบสองฝีมือช่างไทย ฝีมือช่างมอญเดิมจึงปรากฏเหลือเพียงฐานทักษิณส่วนล่างเท่านั้น เจดีย์ภูเขาทองจึงมีลักษณะสถาปัตยกรรมสองแบบผสมกัน ปัจจุบันกรมศิลปากรได้สร้างพระบรมราชานุสาวรีย์สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงม้าบริเวณด้านหน้าวัดภูเขาทอง
   วัดใหญ่ชัยมงคล เดิมชื่อวัดป่าแก้วหรือวัดเจ้าพระยาไทย ตั้งอยู่ทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำป่าสัก หากมาจากกรุงเทพฯเข้าตัวเมืองอยุธยาแล้วจะเห็นเจดีย์วัดสามปลื้ม(เจดีย์กลางถนน) ให้เลี้ยวซ้ายตรงไป ประมาณ 1 กิโลเมตร จะเห็นวัดใหญ่ชัยมงคลอยู่ทางซ้ายมือ วัดนี้ตามข้อมูลประวัติศาสตร์สันนิษฐานว่าพระเจ้าอู่ทองทรงสร้างขึ้นเมื่อพ.ศ.1900 สำหรับเป็นสำนักของพระสงฆ์ซึ่งไปบวชเรียนมาแต่สำนักพระวันรัตน์มหาเถระในประเทศลังกา คณะสงฆ์ที่ไปศึกษาพระธรรมวินัยเรียกนามนิกายในภาษาไทยว่า “คณะป่าแก้ว” วัดนี้จึงได้ชื่อว่า วัดคณะป่าแก้ว ต่อมาเรียกให้สั้นลงว่า “วัดป่าแก้ว”
   หลังจากนั้นได้เปลี่ยนชื่อเป็น“วัดเจ้าพระยาไทย”สันนิษฐานว่าสาเหตุอาจมาจากสมเด็จพระรามาธิบดีที่1 ทรงสร้างวัดป่าแก้วขึ้น ณ บริเวณที่ซึ่งได้ถวายพระเพลิงพระศพของเจ้าแก้วเจ้าไทย หรืออาจมาจากการที่วัดนี้เป็นที่ประทับของพระสังฆราชฝ่ายขวา ซึ่งในสมัยโบราณเรียกพระสงฆ์ว่า “เจ้าไทย” ฉะนั้นเจ้าพระยาไทยจึงหมายถึงตำแหน่งพระสังฆราช
   ในปี พ.ศ. 2135 เมื่อสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงทำศึกยุทธหัตถีชนะพระมหาอุปราชแห่งพม่าที่ตำบลหนองสาหร่าย เมืองสุพรรณบุรี ได้ทรงสร้างพระเจดีย์ใหญ่ขึ้นที่วัดนี้เป็นอนุสรณ์แห่งชัยชนะ การสร้างพระเจดีย์อาจสร้างเสริมพระเจดีย์เดิมที่มีอยู่หรืออาจสร้างใหม่ทั้งองค์ก็ได้ ไม่มีหลักฐานแน่นอน ขนานนามว่า “พระเจดีย์ชัยมงคล”แต่ราษฎรเรียกว่า “พระเจดีย์ใหญ่” ฉะนั้นนานวันเข้าวัดนี้จึงเรียกชื่อเป็น “วัดใหญ่ชัยมงคล” วัดนี้ร้างไปเมื่อคราวเสียกรุงครั้งสุดท้าย และเพิ่งจะตั้งขึ้นเป็นวัดที่มีพระสงฆ์อยู่จำพรรษาเมื่อไม่นานมานี้
   วัดพนัญเชิงวรวิหาร ตั้งอยู่ริมแม่น้ำป่าสักทางทิศใต้ฝั่งตรงข้ามของเกาะเมือง ห่างจากตัวเมืองราว 5 กิโลเมตร หรือเมื่อออกจากวัดใหญ่ชัยมงคล ให้เลี้ยวซ้ายตรงไปตามถนนประมาณ 1 กิโลเมตร ก็จะเห็นวัดพนัญเชิงอยู่ทางขวามือ วัดพนัญเชิงเป็นวัดที่มีมาก่อนการสร้างกรุงศรีอยุธยา ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ตามพงศาวดารเหนือกล่าวว่า พระเจ้าสายน้ำผึ้งซึ่งครองเมืองอโยธยาเป็นผู้สร้างขึ้นตรงที่พระราชทานเพลิงศพพระนางสร้อยดอกหมาก และพระราชทานนามวัดว่า “วัดพระเจ้าพระนางเชิง”(หรือวัดพระนางเชิง) ในพระวิหารเป็นที่ประดิษฐาน พระพุทธรูปขนาดใหญ่ ตามพงศาวดารกล่าวว่าสร้างเมื่อพ.ศ.1867 เดิมชื่อ “พระพุทธเจ้าพนัญเชิง” แต่ในรัชกาลที่ 4 เมื่อมีการบูรณะปฏิสังขรณ์พระพุทธรูปองค์นี้ได้พระราชทานนามใหม่ว่า “พระพุทธไตรรัตนนายก” (ชาวบ้านนิยมเรียกหลวงพ่อโต ชาวจีนนิยมเรียกว่าซำปอกง)เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นปางมารวิชัยลงรักปิดทอง มีขนาดหน้าตักกว้าง 14.10 เมตรและสูง 19 เมตร ฝีมือปั้นงดงามมาก อาจนับได้ว่าเป็นพระพุทธรูปนั่งสมัยอยุธยาตอนต้นที่มีขนาดใหญ่มากที่สุดที่เหลืออยู่ในปัจจุบัน เป็นที่เคารพสักการะของชาวจังหวัดอยุธยาและจังหวัดใกล้เคียง ตามตำนานกล่าวว่า เมื่อคราวพระนครศรีอยุธยาจะเสียกรุงแก่ข้าศึกนั้น พระพุทธรูปองค์นี้มีน้ำพระเนตรไหลออกมาทั้งสองข้าง ภายในวัดพนัญเชิงยังจะพบ ตึกเจ้าแม่สร้อยดอกหมาก ตั้งอยู่ริมแม่น้ำป่าสัก ก่อสร้างเป็นตึกแบบจีนเป็นที่ประดิษฐานรูปปั้นเจ้าแม่สร้อยดอกหมากในเครื่องแต่งกายแบบจีน ชาวจีนเรียกว่า “จู๊แซเนี้ย” เป็นที่เคารพนับถือของชาวจีนทั่วไป สำหรับชาวต่างประเทศเสียค่าเข้าชม 20 บาท
   หมู่บ้านญี่ปุ่น ตั้งอยู่ที่ตำบลเกาะเรียน สามารถเดินทางจากวัดพนัญเชิงไปอีกประมาณ 1 กิโลเมตร ก็จะเห็นอาคารผนวกหมู่บ้านญี่ปุ่นตั้งอยู่ทางด้านขวามือ ในสมัยกรุงศรีอยุธยามีชาวต่างประเทศเข้ามาค้าขายเป็นจำนวนมาก ญี่ปุ่นเป็นชนชาติหนึ่งที่เดินทางเข้ามาในสมัยนั้น เมื่อทางการญี่ปุ่นอนุญาตให้ชาวญี่ปุ่นค้าขายกับชาวต่างชาติได้โดยให้มีหัวหน้าปกครองในกลุ่มตน นับแต่นั้นมาชาวญี่ปุ่นก็เข้ามาอาศัยในกรุงศรีอยุธยามากขึ้น หัวหน้าชาวญี่ปุ่นในขณะนั้นคือ นากามาซา ยามาดาเป็นผู้มีอำนาจและเป็นที่โปรดปรานของสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม จนได้รับแต่งตั้งเป็นออกญาเสนาภิมุขรับราชการต่อมาจนได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าเมืองนครศรีธรรมราชจนสิ้นชีวิต
    ปัจจุบันสมาคมไทย-ญี่ปุ่นได้จารึกเรื่องราวประวัติความเป็นมาของหมู่บ้านญี่ปุ่นในสมัยกรุงศรีอยุธยามาจัดแสดงไว้ภายในหมู่บ้านญี่ปุ่น และปรับปรุงบริเวณหมู่บ้านให้เป็นอาคารผนวกของศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา รวมทั้งจัดแสดงเรื่องราวความสัมพันธ์ระหว่างอยุธยากับต่างประเทศ เพื่อเผยแพร่ให้ความรู้แก่บุคคลทั่วไป